Anders als herkömmliches Brot, das in kurzer Zeit aus dem Ofen kommt, dauert die Herstellung von Pumpernickel etwas länger. Der Teig des dunklen Vollkornbrotes wird an geschlossenen Formen bei anfangs rund 200 Grad Celsius gebacken und dann mit stetig reduzierender Temperatur gedämpft. Der gesamte Prozess dauert je nach Pumpernickel bis zu 24 Stunden. Die hohe Dichte des Brotes macht diese lange Dauer erforderlich, weil die Hitze nur langsam in das Brot eindringt.